通常以医院的规模、性质和出水排放要求进行工艺的选择，一般常用生化+消毒的工艺。

　　生物处理工艺：主要有活性污泥法、生物接触氧化法、膜生物反应器、生物滤池等，不同的生化处理工艺的特点和适用综合比较如下：

　　1.生物接触氧化法：抗冲击负荷能力高，运行稳定；容积负荷高，占地面积小，产泥少，管理方便；

　　缺点：膜脱落时易造成水体中SS浓度增高，供氧能耗较大；适用500床以下中小规模医院废水处理，尤其适用场地小，水量小，水质波动较大的和污染浓度较低的情况。

　　2.膜生物反应器：抗冲击负荷能力强，出水优质稳定，有效去除SS和病原体，占地小，产泥少；

　　缺点：膜脱落时易造成水体中SS浓度增高，供氧能耗较大；适用300床以下小规模医院废水处理工程，尤其适用场地小，出水要求高和紫外消毒等的情况。

　　3.生物滤池：出水水质好，运行稳定，抗冲击负荷能力强，无污泥膨胀问题，容积负荷高且省去二沉池和污泥回流，占地面积相对减少；

　　缺点：运行方式复杂，需反冲洗且反冲水量较大；适用300床以下小规模医院废水处理工程，尤其适用场地小和水质要求高等的情况。