基本PCR运行可以分为三个阶段：指数期、线性期和平台期，荧光定量PCR仪主要是在发生PCR扩增时进行测量。一般为定量，因为在PCR的指数（对数）期内采集数据，在此期间PCR产物的数量与核酸模板的量成正比。
荧光定量PCR仪的应用十分广泛，可以进行基因表达定量、芯片验证、病原体检测、SNP基因分型、拷贝数变异、microRNA分析、病毒定量、siRNA/RNAi实验多种方向的研究测量。
1、提高检测的动态范围
2、无需PCR后处理
3、检测能够覆盖低至2倍的变化
4、在PCR的指数期内采集数据
5、报告基团荧光信号的增加与生成的扩增子数量成正比
6、裂解探针提供扩增子的裂解记录
荧光定量PCR仪集中于指数期，因为它可提供更加精确的数据进行定量。在指数期内，实时计算两个数值。阈值线是反应的荧光强度超过背景时的检测水平。样品达到此水平的PCR循环称为循环阈值(Ct)。Ct值用于下游定量或存在/缺失检测。通过比较未知浓度的样品与一系列标准品的Ct值，可以精确测定未知反应中的模板DNA数量。
