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超纯水仪系统软件中有两种清洗程序.程序:1(7小时)这是在大多数情况下运用的主要清洗程序。使用这程序可以从下午下班前开始并利用晚上休息时间进行清洗。使用程序1的时候,在启动后21分钟后关闭出水阀，此后系统会自动运行直至第二天早上。程序2:(8小时)此程序有一个较长的浸泡过程，适用于当超滤柱的流量下降或柱已污染时。此程序必须从早晨开始。使用程序2时，必须在程序启动后71分钟关闭出水阀。此后，系统会自动运行。
超纯水仪清洗操作步骤如下：
开始清洗时必须准备~30升的进水。
（1）按操作/待机“OPERATE/STANDBY”键2秒钟,使系统处于待机，“STANDBY”状态。把MILLIPAK40/20从出水枪上取下将过渡接头拧在出水口上。
（2）将12mm外径的管子接在过渡接头上，管子的另一端通下水道或水槽。将取水枪扳手扳下，待出水口无水流出(卸压)，再将扳手扳上。
（3）取下清洗口的盖子，把它放在附近，把3克NaOH(A.R.分析纯)(代替消毒氯片ZWCL01F50)放入清洗口。将清洗口的“S”形盖子旋回原处，确保没有渗漏。
（4）按控制面板清洗“CLEANING”键2秒钟。(若要选择程序2，再按一次清洗键)等待10秒钟后选择被确认，显示屏会显示“SAN.CYCLE1”将取水枪扳手扳下，系统就开始进入清洗程序。
（5）350分钟后将扳手扳回到朝上的位置注:若出水阀未关，系统不会计时清洗时间.
5.清洗结束后，系统自动回到预操作（PREOPERATE）状态去掉12mm管子和过渡接头，装好MILLIPAK40/20.超纯水系统又可以正常使用了。
