液相色谱柱是色谱分析过程中重要的部分，相当于人体的“心脏”。根据自己要分析的样品去选择合适的液相色谱柱，需要考虑不同参数将会造成什么影响，比如粒径、酸碱性、极性和分子量大小等。
液相色谱柱在色谱仪分析系统中起着分离作用，是色谱分析的核心部件。正确使用和维护色谱柱尤为重要，使用不当就会降低柱效、缩短使用寿命甚至损坏。温度的突然变化或者使色谱柱从高处掉下都会影响柱内的填充状况；柱压的突然升高或降低也会冲动柱内填料，因此在调节流速时应该缓慢进行，以保持色谱柱内填料的稳定性。
即使是液相色谱柱也分很多类型，比如正相、反相、C18柱、亲水性色谱柱等等。只有了解影响分析柱性能的因素，才能结合目标分析物的性质、需要达到的分析效果及实验室条件来选择适合的色谱柱。
现代液相色谱分析中，色谱柱的选择直接影响了分离效果的好坏，选择合适的色谱柱可以缩短方法开发所需的时间，并且使方法更具稳定性。硅胶基质：通用的基质，强度大，化学修饰容易，但使用的pH值范围有限（一般为2—8，特殊修饰的可以达到1—12）。
聚合物基质：多为聚苯乙烯—二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂，化学稳定，应用pH范围宽，具有更强的疏水性，对蛋白质等样品分离效果较好；但强度较小，有机溶剂可能导致聚合物溶胀而受损，批次重复性较差，商品化色谱柱不多，一般价格较贵。载碳量：基质表面键合相的比例，载碳量高，则保留增加，适合分析非极性化合物。
