此方法适应使用于膜已经有污染，要去除污染的情况。将MicroTreat 按1%浓度配制成杀菌剂溶液（对于醋酸纤维素膜，应用硫酸或盐酸将溶液pH值调至4～6），用低压泵打入系统，浸泡60分钟，如系统污染严重，应延长浸泡时间。然后用反渗透产品水或除盐水冲洗15分钟；对于污染严重的系统，还可以将MicroTreat按20%浓度配制成杀菌剂溶液，低压循环冲洗，时间不少于60分钟。（此方法不适用于醋酸纤维素膜）。

注：在使用MicroTreat浸泡之前，应先用酸洗，以去除膜表面上可能存在的氢氧化物。浸泡后，用碱洗（推荐使用清力公司的清洗剂Diamite）以去除生物体的尸体及有机残渣。