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常用的消毒方法可分为化学和物理的两种：物理消毒有加热法、紫外线法、超声波等法；化学法有加氯法、臭氧法、重金属离子法以及其他氧化剂法等。需要结合实际水质和要求选择适宜的消毒方法，纯水的消毒方式多采用UV紫外线法。紫外线消杀是利用生物体内的核酸吸收了紫外光的能量后，从而改变了其自身的结构，进而破环了核酸的功能所形成。当核酸吸收的能量达到致死量时，紫外光的照射又继续保持一定时间，细菌便大量死亡。在UV灯制造技术方面的进步，目前可制造同时产生185nm和254nm波长的紫外灯管，这种光波长组合可利用光氧化有机化合物，将超纯水中的总有机碳浓度降低至5ppb以下。
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