GAPDH，或甘油醛-3-磷酸脱氢酶，是糖酵解反应中的一个酶，广泛分布于各种组织中的细胞，其表达量通常恒定，因此被广泛用作抽提total RNA，poly(A)+ RNA，Western blot等实验操作的标准化的内参。然而，线粒体蛋白组是指细胞、组织、器官或机体线粒体中的全部蛋白质，这些蛋白质具有特定的功能和结构，参与线粒体诸多重要的生理化学反应。
考虑到内参的选择通常基于其在不同样品和条件下的表达稳定性，以及其与目标蛋白在细胞定位和功能上的相对独立性，线粒体蛋白与GAPDH在细胞中的定位和功能存在显著差异。线粒体蛋白主要定位于线粒体，而GAPDH则主要参与糖酵解过程，并不直接参与线粒体的功能。因此，尽管GAPDH可以作为细胞总蛋白的内参，但在研究线粒体蛋白时，可能并不是理想的内参选择。
对于线粒体蛋白的研究，更推荐使用与线粒体功能和结构更为相关的内参。例如，常用的线粒体内参抗体有COX IV或VDAC1等，它们能够更准确地反映线粒体蛋白的表达情况。这些内参的选择有助于更精确地分析线粒体蛋白的表达水平，从而更深入地了解线粒体在细胞中的功能和作用。
综上所述，虽然GAPDH可以作为细胞总蛋白的内参，但在研究线粒体蛋白时，更推荐使用与线粒体功能和结构更为相关的内参，如COX IV或VDAC1等。这样可以更准确地反映线粒体蛋白的表达情况，从而更深入地研究线粒体的功能和作用。
