1、混凝沉淀技术
目前，混凝沉淀技术为国内处理废水过程中极常用的一种技术。这种技术能够深度处理制药废水。主要可以分为如下几个部分组成：首先，可以将化学药剂都放在水中分散一下，这样便可以将污水中的细微部分转化成不稳定的分离状态，整体污水可以以团状和絮状的方式存在。第二，当污水中的物质形成絮状之后，混凝技术能够继续发挥重力的作用使得污染物得以下降，也便能够有效地分离固体和液体。
混凝沉淀工艺在我国出现的较早，所以相关的设备较为完整，且操作的过程也较为简单。例如，在处理废水的过程中，可以将120mg/L 的混凝剂投入内部。此时的pH 值为8，时间为25s，总体可以达到89% 的去污率。总体而言，去污效率较高。但是这项工艺并没有很好地溶掉毒性的作用，也很难消除微生物内部的病原体。
2、膜分离技术
早在二十世纪六十年代和七十年代便已经出现了膜分离技术。在使用的过程中还会表现出好的和浓缩的特质，整个操作的过程也较为简单。不仅整体操作的过程变得更加节能好的，而且运作的过程中也能够更好地被控制。在处理废水的过程中，主要可以运用反渗透和微滤技术来去除沉淀物质内部的不好杂质，并有效地减弱内部的矿化度。也可以通过运用反渗透技术将脱盐率控制在90%，并将水的回收率控制在70%。
一般而言，膜生物反应器能够将传统的污水处理技术和较新的污水工艺有效地结合在一起，从而有效地净化污水。某制药厂在处理污水的过程中，发现DO 的浓度质量为8，出水的COD 的去除率为93%，出水的BOD 去除率为94%。但是在实际操作的过程中却发现技术投资过大，使得有关处理技术不能够更好地发挥作用。
3、生物处理技术
目前所使用的制药废水处理技术也不能与新的排放标准相匹配。但是生物处理技术仍然是极常用的处理技术。目前，生物处理技术不仅处理成本更小，而且也会有更加稳定的效果。好氧的生物处理技术能够中和废水中不良物质。所以，在实际操作的过程中，需要将预处理技术和好氧深度处理技术有效地结合在一起。在实际进行深度废水处理的过程中，应该将预处理技术和氧生化处理技术有效地结合在一起。
