潜水搅拌机的选型是一项比较复杂的工作，选型的正确与否直接影响设备的正常使用，作为选型的原则就是要让搅拌机在适合的容积里发挥充分的搅拌功能，一般可用流速来确定。根据污水处理厂不同的工艺要求，搅拌机佳流速应保证在0.15~0.3m/s之间,如果低于0.15m/s的流速则达不到推流搅拌效果,超过0.3m/s的流速则会影响工艺效果且造成浪费。所以在选型前首先确定潜水搅拌机运用的场所，如：污水池、污泥池、生化池；其次是介质的参数，如：悬浮物含量、粘度、温度、PH值；还有水池的形状、水深等。
搅拌机所需要的配套功率是按容积大小，搅拌液体的密度、粘度和搅拌深度而确定的，根据具体情况应采用一台或多台搅拌机。