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多肽荧光标记结合成像技术后可用于识别特定靶点。共聚焦或荧光显微镜的体外成像仍然是研究细胞内各种生物过程和相互作用十分有效的方法之一。与蛋白质不同，这些肽定位于肌动蛋白上的特定靶点，不易聚集蛋白质，因此非常适合于体外跟踪。同样，FITC标记的CPP也可被用于细胞内组分的成像，且其细胞毒性低。
其中，FITC是一种胺活性的荧光染料，可广泛的用于标记多肽和蛋白质。合生生物在N端标记Fitc，都会建议在后面一个氨基和由异硫氰酸酯与氨基反应产生的硫脲键之间引入烷基间隔器（alkyl spacer）如AJYS（Ahx）。链接切割需要酸性环境，在N端标记FITC的多肽需经历环化作用来形成荧光素，通常会伴有后面一个氨基酸的去除，但当有一个间隔器如AJYS，或者是通过非酸性环境将目的肽从树脂上切下来时，这种情况可避免。空间位阻被认为是在荧光染料前使用Ahx的主要原因，而不是为什么FITC不能直接偶联在多肽上的原因。
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