三级生物安全水平的动物设施适用于专门接种了危险度 3 级微生物的动物，或根据危险度评估结果来确定。
需要执行下列安全防护措施： 1、必须符合一级和二级生物安全水平动物设施的所有要求。
2、严格控制进入。
3、设施必须通过由双门入口构成的缓冲间，以便与实验室的其他部分及动物房隔开。
4、缓冲间内必须配备洗手设施。
5、缓冲间内必须配备淋浴设施。
6、必须采用机械通风，以确保连续的气流通过每个房间。室内空气排出到室外前，必须经HEPA 过滤，不得循环使用。系统的设计必须可以防止意外逆流及动物室内出现正压。
7、在存在生物学危害的动物室内，必须在方便的位置安装高压灭菌器。感染性废弃物在移至设施的其他区域前需高压灭菌。
8、现场应当就近备有焚烧炉，或由主管部门另作安排。
9、感染危险度 3 级微生物的动物的饲养笼具，必须置于隔离器或在笼具后装有通风系统排风口的房间中。
10、垫料应尽量无尘。
11、所有的在洗烫前必须先清除污染。
12、窗户必须关闭、封严、抗破损。
13、工作人员应进行适当的免疫接种。
