混合物应该移到干净离心机专用管子中。管子不应该超出冷冻离心机的顶部太多也不可太短。管子为什么不应该超出冷冻离心机顶端? 因为冷冻离心机是以一个很高的速度在旋转,所以如此可能会造成危险情况发生。而且在做分离时,要注意平衡的问题,通常我们会准备第二管子,管子中添加蒸馏的水,体积等于样品的体积里面装载和样品同等量的液体。这根管子放在样品槽相对(相反)的位置中。若无如此做平和的动作将造成离心机强烈晃动,甚至掉落地面。
通常在冷冻离心机设计中， 主动减振和被动减振是同时应用的对冷冻离心机而言，一般可以分为三个部位考虑减振;
（1）将主轴轴承座设计成挠性减振型式;
（2）整个驱动系统与机架挠性联接。
（3）主轴与电机之间以挠性联接;
冷冻离心机的轴有二种：一种轴细长，本身就有较大的挠性，因而能自动调心。另一种轴较粗短，轴本身的弯曲挠度很小，但层层减振器仍使系统的工作转速在临界转速之上，所以系统仍为挠性系统。虽然同样是挠性系统，但细长挠性轴和刚性较大的轴运转时的区别在于;细长挠性轴的自动对中主要是通过轴的弯曲来实现转子绕着它的质心旋转， 而刚性较大的轴则是通过整个旋转系统中各部件的挠性相对位移来实现自动对中的。
同时，我们认为较细长的轴应选用弹簧钢，较短粗的轴应选用调质台金钢较为合理。
