下文所述的显微镜各自以不同的方式创建其图像。常用的显微镜是光学显微镜，它使用我们看到的光穿过样品并产生图像。实验室常用显微镜
5种显微镜使用不同的技术创建图像：
1.光学显微镜
2.共聚焦显微镜
3.扫描电子显微镜（SEM）
4.氦离子显微镜
5.X射线显微镜
光学显微镜
光学显微镜使用光创建您看到的图像。这些显微镜用于家庭，学校，医院实验室以及制造工厂。光学显微镜的放大倍数受到光的光学特性的限制。光学显微镜包括用于研究固定样品的立式复合显微镜，用于观察细胞培养物或活细胞的倒置显微镜，用于生成3D图像并查看小零件的立体显微镜以及由于透镜的数值孔径较大而提供更高分辨率的变焦显微镜。
共聚焦显微镜
与上述光学显微镜不同，共聚焦显微镜使用激光作为光源。激光使用不同的图案扫描样品，然后将图像与计算机组装在一起。激光可以比灯泡发出的光更深地穿透样品。生成的图像是可控景深的三维图像。共聚焦显微镜使您可以通过堆叠来自不同光学平面的多个图像来检查细胞，模型生物和组织的内部结构。共聚焦显微镜还可以用于质量保证和控制中的表面分析。
扫描电子显微镜（SEM）
电子显微镜使用电子而不是可见光来创建图像。为了使用电子显微镜，必须聚焦电子束，并且需要真空。光束被发送到样品上，反弹并产生表面的三维图像。电子的波长比灯泡或激光器发出的光的波长小得多，因此分辨率更高。当您想使用扫描电子显微镜时，您的样品必须具有导电性，因此电子会从其反射回来。扫描电子显微镜所用的样品通常涂有金或其他金属的薄层。
氦离子显微镜
氦离子显微镜与扫描电子显微镜的相似之处在于成像技术基于扫描氦离子束。显微镜允许将样品的铣削和切割结合在一起，并在亚纳米分辨率下进行观察。在成像方面，氦离子显微镜比扫描电子显微镜具有多个优势。由于非常高的源亮度和氦离子的短波长，因此可以获得使用光子或电子作为发射源的常规显微镜无法获得的定性数据。由于氦离子束与样品相互作用，因此不受大激发量的影响，因此可以在各种材料上提供具有大景深的清晰图像。
X射线显微镜
X射线显微镜使用电磁辐射（X射线）生成微小物体的图像。与扫描电子显微镜不同，X射线显微镜可用于生成活细胞的图像。X射线比可见光更容易穿透样品深度。X射线显微镜可以无损地镜像样本的内部，并以更高的空间分辨率创建物体内部结构的三维图像。
