燃油滤清器有柴油滤清器、汽油滤清器和天然气滤清器类、柴油滤清器的结构大致与机油滤清器相同，有可换式和旋装式两种。但其承受的工作压力和耐油温要求较机油滤清器低得多，而其过滤效率的要求却比机油滤清器高得多。柴油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有采用毛毡或高分子材料的。
　　
　　柴油滤清器除过滤柴油中的机械杂质外，还有一个重要的功能就是滤水，为实现较高分离效率，目前多采用两级式过滤方式，一级为油水分离器，一级为柴油精滤器。水的存在对于柴油机供油系统危害极大，锈蚀、磨损、卡死甚至会恶化柴油的燃烧过程。柴油滤清系统的除水方式在机械燃油系统主要是沉淀，到国三以上排放时代，柴油发动机多采用高压共轨燃油系统，除水方式多采用滤纸。目前满足国三以上排放发动机要求的水分离器多为外企企业生产，如博世（BOSCH），曼胡（Mann-Hummel），帕克（Parker），国内品牌有达菲（DIFITE）。
　　
　　汽油滤清器有化油器式和电喷式之分，使用化油器的汽油发动机，汽油滤清器位于输油泵进口一侧，工作压力较小，一般采用尼龙外壳，电喷式发动机的汽油滤清器位于输油泵的出口一侧，工作压力较高，通常采用金属外壳。汽油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有使用尼龙布、高分子材料等、