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华大基因研制完成德国大肠杆菌检测试剂盒
点击次数：296 发布时间：2013-1-9
2011年6月7日，自5月中旬德国大肠杆菌疫情爆发以来，已对德国的公众健康造成了严重的危害，疫情也正陆续蔓延至欧洲各地。科研工作者们正利用深圳华大基因研究院早前公布的该大肠杆菌基因组序列信息积极的开展研究，为早日结束这场疫情而共同努力。深圳华大基因研究院今日又发布研究进展，公布了第三版的含有测序数据的大肠杆菌基因组完成图谱。并且华大基因与其合作研究小组已研制出该大肠杆菌的诊断试剂盒，将无偿提供检测实验方案及所需引物序列信息，给范围内的病情诊断、疫情监测和污染源调查提供支持。
团队整合了之前发表的Ion Torrent数据和基于Illumina公司Hiseq测序平台新产生的数据，并进行序列拼接，从而得到*个真正意义上基于从头测序的组装结果。这次新发表的全基因组组装结果，比早前发布的版本更加完整（完整度>99%）并且修正了之前可能出现的组装错误。对该版本的基因组序列的分析也同样证实了该大肠杆菌含有来自肠出血性大肠杆菌（EHEC）和肠黏附性大肠杆菌（EAEC）的致病基因。
基于之前的研究发现，华大基因与军事医学*微生物流行病研究所的科研人员迅速开展了针对该大肠杆菌的诊断试剂盒的研发。并且于昨日验证完成了可快速检测该大肠杆菌菌株的PCR诊断方案。该诊断方法主要通过两对特异性引物的扩增，而鉴定出与黏附性及出血性相关的基因。 该方法可在收到样品后2-3小时内提供诊断结果，其对疫情监控和和致病病菌的检测起着重要作用。
对试剂盒的灵敏度和特异性进行数据分析及实验测试，证明了该检测方案具有高度特异性。灵敏度实验检测结果也表明，该方法在DNA浓度低至约1皮克（10-12克）的反应体系中仍可检测出该菌株。更多的验证试验将会在本周继续开展。同时，为了更好地控制此疫情的传播，华大基因与军事医学*微生物流行病研究所将免费为疾病控制和研究机构提供合成引物，为监控及预防范围内疫情的扩散提供帮助。