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北京佰乐良成科技有限公司
以服务研究热点、推动技术**为己任,Derbur GmbH公司推出*新开发的DGiNaSPTM 单细胞文库构建解码系统系统。一款自动化高通量单细胞测序核酸提取与文库制备平台,样本原始管直接上机,条码追踪,连接后续智能化生信分析平台,可实现自动化“一站式"高通量测序服务。数千个单细胞数百个基因的平行分析DGiNaSPTM单细胞文库构建解码系统能够对成千上万个单细胞的数百个表达基因进行数字定量,克......
DGiNaSPTM系统工作流程:单细胞分离到NGS分析
流程特点:
· 更低成本:靶向基因检测,避免看家基因占用的大量测序数据,大大节省了测序和分析成本;
· 罕见转录本更高检出率:靶向定制panel,选定特定基因组合,提高UMI计数效率,罕见转录本检测阈值更低;
· 超高细胞捕获效率:大于60%,远高于市场上目前所有大通量单细胞转录组测序技术;
· 克服PCR扩增偏差:引入单细胞测序金标准,分子标签,降低非特异性表达;
· 实现更高的分辨率:可以分辨更精细、微观的细胞群和细胞亚种群;
· 反转录的磁珠超长稳定存储:完整cDNA可在磁珠微球结构保存长达16周,随用随取;
· 灵活分样组合:单次实验,通过的抗体标记的方法,既可以提高样品通量(*多可8个样本同时建库,可等分,可随机组合);又可以同时进行单细胞蛋白和转录组联合检测,大大降低成本的同时,也为单细胞多组学研究提供了更高效的平台
靶向设计
近年来高通量测序平台的快速发展引发了测序成本迅速激进的成本降低,但相对于大量的单细胞转录组分析需求来说仍是十分昂贵的。我们通过特殊序列设计的方法,开发出了多款适用于不同客户需求的靶向基因检测试剂盒。具有以下优点。
l 更低成本--提高单细胞测序效率,避免看家基因占用的大量测序数据,大大节省了测序和分析成本;
l 罕见转录本更高检出率--选定特定基因组合,提高UMI计数效率,罕见转录本检测阈值更低;
l 定制化—提供客户定制化服务,专门的设计软件和应用专家提供专业的设计指导和服务
l 储存--从样本中得到的完整 cDNA 可在磁珠上稳定存储,允许将珍贵样本保存长达 16 周。这可使用户在时间允许的情况下灵活地对样本进行测序,并通过对储存的磁珠池进行等分或分样来实现同一样本的多个测定。
l 分样--在磁珠上储存的 cDNA可以分成一个或多个等分试样,并使用定制或预先设计的组合(panel)进行扩增。通过提供对部分样本进行测序的选项和对样本不同组合(panel)进行测试的灵活性,进一步降低成本。
分子标记索引
当对序列读取进行计数时,PCR 扩增偏差可导致基因定量不准确。DGiNaSPTM分子标签(UMI)技术为单个细胞的单个基因分配了的分子索引,也称为“分子条形码"。实验者可借此克服扩增偏差,更准确地计算转录水平。
磁珠上分子标签结构。Univ:通用Illumina接头序列。CL:Cell specific sequence细胞特异序列。大约有88.5万种细胞标记。UMI:Unique molecular index。每个mRNA分子有相同标签。UMIs种类:约6.6万。Poly-dT:mRNA尾连接。
单分子标记流程示意图
我们为客户提供多种数据分析安装分析软件和可视化工具,可构建自动化的数据分析通道。只需对简单的生物信息学基本了解即可方便的进行初级分析和二级分析以及数据可视化等各种数据分析和挖掘,直接生成可用于发表的结果和图片
工作条件:
电压要求:100-240 Vac, 50-60 Hz, 25 W;
温度要求:16-28°C;
湿度要求:室温,不高于85%;
具体参数
芯片适用样品类型:一种微流体芯片兼容不同大小及不同类型的真核细胞(贴壁细胞、悬浮细胞、组织、血液等);
样本处理通量:反应孔数量达到了22万个,1-8个通道,单个通道每次可捕获100-10000单细胞;
自动化:一体化主机设置,可从细胞分离到建库完成需要12.5小时,所有步骤均在一个单元完成实现全自动分离建库,实现快速裂解细胞对基因表达影响*小,**地获得转录组数据;
分区与标签数:每次运行产生≥9万个纳升级分区,含有不少于270 万个的序列标签、**标签或ATAC标签(每个标签由16个碱基构成);
细胞捕获效率:在样本细胞群体中捕获≥60%的单细胞,每 1000 个细胞中含有 双细胞的比例低于0.9%;
文库测序仪兼容性:系统提供 Illumina和华大基因兼容测序文库,建库样本满足 Illumina 和华大基因测序仪要求;
细胞直径大小:≤40um;大于40um抽提细胞核检测试剂盒;
多样本标记: 配套原厂试剂,可以完成细胞样本及细胞核样本混样建库,细胞样本混样单个通道达到10种样本标签,细胞样本或细胞核样本混样单次实验可达到80个样本建库实验;
条码扫描器: 配备2D 条形码扫描器,扫描试剂信息并跟踪试剂使用情况;
软件包括:分析软件和可视化软件,免费安装,免费升级,自带误操作提示及更正功能,支持 Wifi,以太网,USB 接口输出,兼容 LIMS 系统;
目前已有多款经验证的试剂盒可选:
□ 单细胞的基因 3’表达谱测序文库试剂盒
□ 单细胞的基因5’表达谱测序文库试剂盒
□Onco-BC 靶向检测试剂盒(panel)--与乳腺癌和**细胞相关的 400 个基因检测
□ **反应检测试剂盒(panel)--**细胞类型谱分析
□ T-细胞靶向检测试剂盒(panel)--T细胞类型谱分析
□ 单细胞核的ATAC-Seq测序文库试剂盒
□ 多聚甲醛固定后单细胞转录组测序文库试剂盒
□ 客户自定义检测试剂盒(panel)--用户可选择100-500个靶基因进行检测,专业的应用工程师将为您的设计提供技术支持
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