超滤技术存在的主要问题是超滤膜污染。超滤膜在使用过程其性能随着时间的增加，膜透过流速会迅速下降，同时对溶质的阻止率也会明显上升，这是由膜的劣比的附生污垢所引起的。膜易出现污染与堵塞，膜的使用寿命相对较短，有必要对超滤膜的再生进行研究。解决办法一方面是加强料液的前处理，另一方面是对超滤膜的清洗方法的研究。

超滤法的应用，应明确截留什么和除去什么，必须着重研究目标成分的截留率，密切注意各种类型膜的技术标准及其适用范围，客观评价其处理速率是否能达到生产所需，只有较好的解决量与速度，才能更加好地应用超滤技术。