（一）免疫印迹
    在免疫印迹技术中影响特定抗体效果的三大因素是实验过程中抗原的变性、在硝酸纤维膜上抗原的呈现和抗体的特异性，这些特点将影响抗体发挥作用。
    在所有免疫化学技术中，抗原结构变化是影响免疫印迹试验的zui重要因素。在免疫印迹中，任何来源的蛋白质都需要在严格条件下进行变性（通常是在2％SDS中煮沸）。通过SDS—聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）分离后，转移到硝酸纤维膜上，然后通过抗体结合定位。抗原的三维结构在SDS中煮沸时被破坏，  由于硝酸纤维膜的物理附着以及与膜上蛋白结合的残留SDS的持续存在，复性的可能性不大。因此，用这种方法可以使抗原*变性，只有那些氨基酸线性延伸所形成的表位才有利于抗体的结合。
           因为免疫印迹实验较快速，检测不同的抗体以确定其效应比较简单，容易选择仅与相应抗原及其密切相关蛋白成员发生相互作用的良好抗体。必要时，通过仔细选择抗体可以区分相应抗原及其密切相关的蛋白。
（二）免疫沉淀和免疫亲和纯化
    两种方法的抗体—抗原相互作用基于相似的物理原理，所以在这里一并讨论。两种方法通常用于收集溶液中的天然抗原，由于表位被破坏，阻碍抗体达到的空间位阻以及抗体对抗原的亲合性等问题使这两种方法复杂化。
    因为免疫沉淀和免疫亲和纯化通常用于收集天然状态的蛋白抗原，因此变性常破坏其抗体的识别位点。为使表位的破坏减少到zui低程度，应该选择提取条件以便找到能充分释放抗原的zui温和条件。
    这些方法不仅用于待收集的抗原研究，并可用于收集相关分子。对免疫沉淀尚处于分析阶段，而免疫亲和纯化则已用于大规模分离。对抗体的评价，应以从溶液中去处的总抗原量的部分为依据。
    （三）细胞染色和组织染色
    对培养的细胞或有机体的细胞染色，选择有用的抗体极为重要，文献报道了很多由于抗体选择不当，而得出亚细胞定位和抗原存在的不准确结论。免疫染色的方法学涉及到抗体的特异性、表位结构的改变以及抗体与抗原结合的空间位阻问题。
       影响免疫染色成功的一个关键因素是难以确定某一特定抗体的特异性。免疫沉淀或免疫印迹是通过抗原的相对分子量来分离抗原；免疫亲和纯化方法，其蛋白质也常用凝胶电泳来检测其纯度。这为研究人员从非目的的相互作用中区分有目的的相互作用提供了另一种方法。        

       免疫染色的zui后一个问题是抗体易接近性的空间位阻。这包括靶抗原与其他分子相互作用封闭关键表位的获取，以及细胞结构的存在影响抗体充分达到抗原部位，这些问题是免疫染色方法中所固有的。在设计实验和对照组时采用蛋白酶和微波处理可以减少空间位阻，但如何控制其强度，需要在实验中摸索。