转化后，就得到了菌苔形式的抗体文库。可以制备成甘油储存物保存于一80℃。这是一个原始文库，象征着具有*价值的资源。的抗体文库也是由这种原始文库制备而来的。然而，当用大培养板铺板扩增原始文库时，会造成部分多样性的丢失。因此在任何噬菌体制备或细菌扩增步骤中，接种量必须总是大于5倍的文库容量，从而保持文库的多样性。

在大多数噬菌体展示载体中，抗体片段的表达是由lacZ启动子启动的。尽管这个启动子存在某些漏洞并可以优化，但以以下一些指导进行操作，其效果依然良好。在噬菌体救援前，含有抗体文库的细菌在葡萄糖存在的条件下，可生长至对数期。葡萄糖可抑制lacZ启动子的活性，因此使pⅢ和抗体表达都下降。这就有两点重要作用：一是由于pⅢ和抗体产生的毒性下降，防止了文库的偏性发生；二是抑制了pⅢ表达就可允许细菌纤毛表达，从而使辅助噬菌体能进行感染。如果没有葡萄糖，感染效率会急剧下降，结果大大降低了抗体文库的有效容量：辅助噬菌体感染后，则须去除葡萄糖，以便让pⅢ和抗体进行表达。而后，低水平lacZ启动子驱动pⅢ表达，但这已足以进行有效的展示了。用异丙基硫代半乳糖苷（1PTG）诱导启动子达不到预期效果，反而大大降低了展示水平。这是由pⅢ和抗体融合蛋白的毒性及pⅢ抗体融合蛋白的降解所致。对于scFv文库和Fab文库，过夜生长阶段的典型温度是30℃；此温度下，抗体展示水平似乎更佳。选择前，先用PEG沉淀法从培养基上清中制备噬菌体。这样就可以去除不*抑制或蛋白水解切除所产生的抗体片段。这些抗体片段能与噬菌体竞争结合。PEG沉淀也可以去除其他任何能干扰选择的污染物。如果计划长期保存噬菌体，推荐接着进行氯化铯离心纯化。