原理及特点    PCR标记的原理是用带标记的dNTP进行PCR，zui后得到的PCR产物将带有标记，可以直接用于杂交试验。其原理示意图如下：
PCR法制备DNA探针示意图
 
本产品是在上述原理的基础上开发，它具有下列特点：
1.    一站式，本试剂盒提供经过优化的试剂，不需要用户自己摸索。
2.    足够10次50 uL体系的常规PCR（用于制备标记反应的模板和设置对照反应）和5次50 uL体系的标记反应。
3.    一次标记可以得到ug级的双链DNA探针或约700ng的单链DNA探针，足够多次杂交实验用。
4.    既可用于制备双链探针，也可以用于单链探针。
5.    90604A需自备含标记核苷酸的dNTP， 90604B和90604C分别含*和地高辛标记的底物。自备的标记包括fluorescein-dUTP、hydroxycoumarin-dUTP、resorufin-dUTP和aminoallyl-dUTP等。
6.    本产品得到的探针参入率一般为4-5%（每100个核苷酸中有4-5个将带有非同位素标记），有效降低了空间阻碍，检测效果*。
7.    可以用于Southern 和Northern Blot、原位杂交、菌落和斑点印迹杂交等分析。
规格及成分    成 份    编 号    5次塑料盒包装
2×标记PCR Mix    90604A    500 uL
dNTP，2 mM each    121128    50 uL
含Biotin-11-dUTP的 dNTP     90604B    25 uL（仅B有）
含DIG-11-dUTP的dNTP    90604C    25 uL（仅C有）
超纯水    100935    1 mL
使用手册    1份
注：标记PCR Mix不含dNTP。
运输及保存    低温运输，-20℃保存，有效期一年
自备试剂    DNA模板和模板专一性引物。
使用方法    一：准备工作
1.    按常规的方法设计PCR引物，使探针长度在400-800bp之间。过短则标记参入少，探针杂交信号强度减弱；过长则非特异杂交增加，背景变强。
2.    根据PCR引物优化PCR条件。
3.    由于标记的dNTP比较珍贵，所以本试剂盒不推荐以基因组DNA或其他复杂DNA为模板直接进行PCR标记，而是建议采取下述的两步法标记来提高成功率，即先制备非标记PCR产物，再以之为模板制备标记的PCR产物。
二：非标记PCR产物的制备
4.    设置50 uL PCR的反应体系：
成份    用量
2×标记PCR Mix    25 uL
dNTP，2mM each    5 uL
自备的探针引物一（10pmol/uL）    1 uL（10 uM）
自备的探针引物二（10pmol/uL）    1 uL（10 uM）
自备的模板DNA    1 ug基因组DNA或1ng质粒DNA
超纯水    补到50 uL
5.    按已经优化的PCR参数进行PCR。
6.    电泳检测和胶回收所需的PCR产物，并定量。用10 pmol引物一般能得到1ug左右的PCR产物（具体取决于PCR产物的长度）。注意：采取胶回收而不是PCR回收以避免残留引物干扰后续的标记PCR。
三：标记PCR反应（做一个不加标记的对照用于定量）
说明：在设置下面反应时，如果加一种引物，就得到单链标记的PCR产物；如果加两种引物，则得到双链标记的PCR产物。由于双链PCR探针在杂交前虽然要变性成单链后使用，但杂交时变性的双链彼此还会复性，这种复性会与探针-靶DNA杂交反应相竞争，降低杂交效率，因此强烈推荐使用单链标记的DNA探针。
成份    样品    对照
2×标记PCR Mix    25 uL    25 uL
含Biotin-11-dUTP的 dNTP或
含DIG-11-dUTP的dNTP或
自备的含其他标记dUTP的dNTP    5 uL    不加
dNTP，2mM    不加    5 uL
双链标记：探针引物一和引物二
单链标记：探针引物一或引物二    每种50 pmol
一种50 pmol    每种50 pmol
一种50 pmol
上步胶纯化所得PCR产物
（单链标记可用100ng）    10 ng    10 ng
超纯水    补到50 uL    补到50 uL
注意：本试剂盒提供的dNTP混合物中，标记底物与非标记底物的比例已经进过优化，如果自备标记dUTP，其与dTTP的*比例需要优化，标记不同，比例不同。对DIG-11-dUTP，*比例1：3；对BrdUTP，*比例为1：1。
7.    按第5步的PCR参数进行标记PCR，但需要进行下列修改：一是循环数增加到35-55个循环。由于模板为纯化后的PCR产物，探针对扩增长度完整性要求不高（长度不均的探针由于能形成网络结构，效果反而更好），所以可以增加循环数；二是延伸时间增加15秒，因为标记dUTP参入到DNA的速度比常规的dTTP慢；三是降低复性温度5-7℃，因为标记核苷酸参入到DNA后，新模板的Tm值将降低。
8.    标记探针的定量：取标记反应和对照反应的产物1-5 uL，在琼脂糖凝胶上跟浓度已知的DNA marker一起电泳，并判断探针的浓度。由于标记反应的PCR产物中额外带有非同位素的配体（*，地高辛等）、因此其泳动速度将慢于非标记PCR产物（但同位素标记不能用此法）。是下图是一个典型的双链PCR产物电泳结果图：
 
标记的DNA（右）与未标记的DNA（左）电泳比较
注意：如果扩增的是单链DNA探针，其结合EB的能力远低于双链DNA（EB是嵌合到双链碱基对之间的，而单链DNA没有碱基对，只有一些局部区域折叠形成的有限双链区，因此能结合的EB很少），因此EB染色的强弱不能准确反应DNA的浓度，可以采用银染定量（跟marker比较）。一般100ng模板按上述条件经过单链PCR扩增可得到700ng左右探针。
9.    剩余的PCR标记产物可以不经过纯化，直接加入（对单链PCR探针）杂或加热变性并急冷后加入（对双链PCR探针）到杂交液中使用。如果暂时不用请放-20℃长期保存。如果需要纯化，请使用乙酸铵/乙醇沉淀法。
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