与RNAi相关，能侦查到入侵者的新机制，这种机制与之前通过识别dsRNA，或者一些外来序列其他异常特征的方法不同，新方法是通过将外来序列和之前表达的RNA记忆进行比较，一旦识别出差异来，一种称为外来DNA  片段的“表观记忆”就会产生，并且一代传给一代，*沉默这一基因。
　　这种与RNAi相关的现象被称为RNAe，显著特点就是动物体携带有之前基因表达的记忆。这种活性基因的记忆可以作为一种“反沉默（anti-silencing）”信号，保护机体本身产生的基因不受到RNAe的影响，在某些情况下，将外来基因作为自身基因。
　　
　　piRNA来自基因组聚集区域，是种类多样，丰富的小分子非编码RNA，在哺乳动物中更是有百万种。在大多数线虫中piRNAs，以及哺乳动物中的许多piRNAs都缺失明显的互补靶标，功能并不清楚。有可能piRNAs的作用是一种遗传保护体系，利用不*配对的碱基对，帮助识别外来核苷酸。
　　
　　那么阻止piRNAs识别和*沉默线虫本身基因的机制又是什么呢？值得注意的是，研究人员发现这种“自我”转录本有时会受到保护，无法进入WAGO系统，一些活性基因实际上确实能打开沉默基因。由于自我转录是与第三种Argonaute系统——CSR-1在一起的，因此研究人员认为，CSR-1也许提供了一种反沉默，或者保护功能，这能帮助线虫识别自己的基因，进行表达。
　　
　　“总而言之，这些研究提出了一种小分子RNA系统在表观遗传过程中，令人惊讶的复杂作用”，，“这表明了piRNAs能不断扫描生殖细胞中的所有表达的基因，不断的将每个序列，与之前基因表达记忆进行比对。当找到外来基因的时候，这个新型表观遗传信息就会被传递给下一代。反过来说，如果偶然有新基因被随机表达，那么这个活性状态也会被作为一种稳定的表观遗传记忆，被传递给下一代，因此机体就能有效的将外来基因融入自身基因了。”