多功能紫外线消毒器在水处理主要应用它的杀菌功能，比如过流式紫外线消毒器设备工作原理是这样的：经水泵产生压力的一定流速的水流流过紫外线消毒器腔体内壁和能透紫外的石英套管外围，紫外线灯产生的254nm紫外线对水进行消毒、杀菌。其特点是水流流速很快，一般在石英外套流过的时间为不超过1秒，因此要求杀菌灯的紫外线强度是很高的，一般要求在表面强度超过30000uw/cm2。要产生如此高的紫外线强度，需选用高强度大功率的紫外线杀菌灯。如果仍然想通过延长时间来提高消毒效果，那么一般选用较长的灯，做较长的设备，或在外壁上处理成涡流旋转式结构，来延长水流过的时间。
多功能紫外线消毒器的工作原理：
1.应用波长为225－275μm，峰值在254μm的紫外线光谱，此波段具有很高的能量。可破坏微生物的核酸结构，具有强烈的杀菌作用，从而达到消毒的目的。
2.该设备能有效的杀灭大肠杆菌、痢疾病菌、军团菌、流行感冒病毒、肝炎病毒等，使水质得以净化。
3.经紫外水消毒系统处理过的海水、淡水或者其他水体，其各式病毒、细菌率可达到99.99%以上。
4.紫外线杀菌器是以强UV（紫外线）光源对水进行照射。这种净化系统能迅速起效，且没有任何残留物，且不使用任何具有潜在危害的化学品。
广泛的用途。水处理（water treatment）从使用紫外线杀菌灯的方法来分，有直接把灯放入水中，称为浸没式；紫外线灯放入紫外线消毒器腔体中的套管里使用，称为过流式紫外线消毒器。（目前主要采用的过流式紫外线消毒器，及管道式紫外线消毒器）与过流式相比，浸没式结构简单。紫外线杀菌灯直接放在水中，这种方法可用于流动的动态水，也可用于静态水。这种处理方法要注意灯管有可能由于意外情况发生破裂；长时间处理，灯管表面会被水中藻类等污染物覆盖，将严重影响紫外线透出。
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