用臭臭氧发生器饮用水消毒效果比用传统的水消毒(如氯或紫外线消毒)效果更好。一，臭氧对和细菌的杀灭效果比其它消毒方法都要好，而且接触时间很短，因此减少了整个消毒过程的停留时间，而且不会留下化学残留，也不会造成二次污染。
臭氧发生器具有高氧化潜力，能有效降解细菌和，使细胞膜破裂，并使细菌中所需的生物分子分解。臭氧气可以用来氧化细胞脂质双层烃类，从而杀死污染微生物。因为臭氧在水中会自然分解，所以基本上不会产生有害残留。臭氧处理还可以阻止微生物的再生长，只要在消毒过程中的其它工艺成功地减少了废水中的微粒。由于不需要运输或处理，臭氧需要在现场通过臭氧发生器产生，因此消除了化学处理带来的健康和环境问题等复杂问题。
臭氧发生器饮用水消毒效果与其它净水措施有关，只有在水经过充分的预处理后，才能对饮水进行消毒。消毒过程在很多情况下都是水处理系统的一个步骤。如饮用水处理，消毒步骤先是过滤、沉淀、絮凝和砂滤，此时的水适合终后消毒。应先将溶解和不溶解的颗粒从水中去除，因为它们可能导致消毒副产物(特别是在使用氯化技术时)，而且这些颗粒可能含有用于疾病生长的底物(食物)。此外，由于微生物吸附在颗粒上，使其难以从水中去除。水溶液中未溶解的颗粒浓度在消毒前应降低到1mg/l以下。人体或自然来源的其他化合物也会影响消毒处理的性能，这些化合物可能会与消毒剂发生反应，从而增加了需要清除微生物和的消毒剂的数量，同时也会造成难以维持的残留浓度。
