因为养殖用水处理臭氧消毒器的强氧化性，使得它对水中各种微生物都有良好的杀灭作用。
实验1：在无菌罩通入臭氧条件下，经臭氧20分钟和30分钟后，对大肠杆菌的杀灭率分别为97.5%，对的杀灭率分别为93.7%，对绿脓杆菌的杀灭率分别为84.6%和89.8%。
实验2：臭氧气体在20℃条件下通入流动水中，当水中臭氧浓度达到0.43mg/L时，可99%杀死大肠杆菌。
实验3：浓度为1.5mg/L的臭氧溶液只需1分钟，就能杀死黑曲霉和酵母菌等真菌。另外，臭氧还能有效地杀灭原虫及其卵。
亚硝酸盐、硫化氢、氨态氰等在养殖用淡水或海水中都能氧化成无毒物质，对鱼类有很大的危害。在此过程中，无机物可以被降解，从而降低水中的BOD值和化学COD值。养殖用水处理臭氧消毒器的强氧化性可以对藻类等原生动植物进行快速杀灭。经过30分钟的臭氧处理，赤潮海水被*氧化成无色透明状，水里的夜光虫全部被杀死，成粉末状。臭氧能迅速有效地杀死水中存在于水中的危害水生生物健康的病原菌。在杀灭隐孢子虫卵所需的时间内，臭氧1mg/L的作用时间5分钟，次氯酸、氯、氯氮等对90%的虫囊都有杀灭作用；而相同浓度的次氯酸，作用1小时，氯和氯氮的浓度为80mg/L，作用90分钟后才能达到相同的作用效果。
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