消毒灭菌设备臭氧发生器的应用主要有三个方面：
（1）杀死微生物——消毒灭菌；
（2）氧化各种有臭味的无机或有机物质——除臭；
（3）氧化代谢产物，从而抑制新陈代谢过程。
在杀灭微生物——消毒灭菌时，尽管冰冻会杀死一些细菌，但是一些致病菌对低温有很强的抵抗力，当温度回升时，这些细菌就会“复活”。特别是在冷藏室和冷藏室中，因其温度适于嗜低温细菌、霉菌和酵母菌的生长，会使储存的食物大量受损。这样的话，使用臭氧就能达到满意的效果。臭氧是一种气体灭菌剂，具有抑制和杀灭细菌的作用，通常是物理、化学和生物学的综合结果。这种作用机制可以概括为三个方面：①作用于细胞膜，使细胞膜的通透性增强，使细胞内物质流出，使细胞失去活力；②使细胞活动所需的酶失去活性。它们既可以是基本代谢酶，也可以是合成细胞因子的酶；③破坏细胞质中的遗传物质，或者使它们失去功能。臭氧杀灭病毒通常被认为是通过直接破坏病毒的RNA（核糖核酸）或DNA（脱氧核糖核酸）来实现的。但臭氧能杀灭细菌、霉菌等微生物，臭氧首先作用于细胞膜，破坏细胞膜的结构，导致细胞代谢障碍，抑制细胞生长。臭氧持续渗透破坏膜内组织直死亡。
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