含恶臭物质的气体经过去尘增湿或降温等预处理工艺后，从滤床底部由下往上穿过滤床，通过滤层时恶臭物质从气相转移至水-微生物混合相(生物层)，由附着生长在滤料上的微生物的代谢作用而被分解掉。这一方法主要是利用微生物的生物化学作用，使污染物分解，转化为无害的物质。微生物利用有机物作为其生长繁殖所需的基质，通过不同的转化途径将大分子或结构复杂的有机物经异化作用，氧化分解为简单的水、二氧化碳等无机物，同时经同化作用并利用异化作用过程中所产生的能量，使微生物的生物体能增长繁殖，为进一步发挥其对有机物的处理能力创造有利的条件。污染物去除的实质是有机物作为营养物质被微生物吸收、代谢及利用。这一过程是物理、化学、物理化学以及生物化学所组成的一个复杂过程。
恶臭物质+ O2 微生物 细胞代谢物+ CO2+ HO2
生物除臭的过程：
1、气相污染物进入水相或者被生物膜表面吸附
2、水相中的污染物被微生物降解
3、代谢废物通过水相排出系统
生物处理一段采用对二甲苯的氧化有良好催化能力的火山岩做填料，在火山岩上生长着特别培养的细菌。通过培养生长在生物过滤器内的特殊微生物形成的生物膜，此生物膜一方面以废气中的污染物为养料， 进行生长繁殖，另一方面将废气中的有味的挥发性有机物质(VOC)作生物分解及脱臭处理，降解成为无毒无味的二氧化碳(CO2)和水(H2O)后再排出，效率可以达到95%以上。
