生物制药冻干机广泛应用于各种药物、中药、疫苗、生物制剂、微生物细菌和菌种等，生物制药冻干机在进行冷冻干燥的生物制品、中药材、药品注射剂等是用于人口服或者用于注射到人、畜体内，如有污染，轻者将造成感染，重者甚至危及生命，所以生物制药在生产的各个环节需要注意CIP在线清洗和SIP在线消毒灭菌，保证产品的“无菌”要求。
生物制药冻干机的CIP在线清洗系统是确保冻干制品的质量要求。生物制药冻干机的CIP在线清洗系统是指系统或设备在原安装位置不作任何移动条件下的清洗工作，CIP在线清洗系统由喷嘴、电动控制阀门、清洗管道、增压泵等组成。带有清洗装置的生物制药冷冻干燥机在冻干箱内装有各种喷头和喷嘴，喷头的安装布置需要确保对每一个死角，配合清洁用水（符合制药要求用水）进行清洗干净。
生物制药冻干机的CIP在线清洗系统的工作是通过加压泵，给清洗管道内注入清洗用水,然后通过喷头对箱体、隔板等进行喷射，在喷头喷射同时板层作上下运行，这样才能消除箱内和板层未清洗到的残留物质，在箱体内清洗完成后，关闭各个阀门通过水环式真空泵进行抽空排水。达到清洗目的，生物制药在线清洗系统需要满足GMP要求, 清洗操作控制集成在控制系统内,生物制药CIP在线清洗系统的程序控制运行和时间，由操作人员根据实际情况设定操作。在企业选用生物冻干机根据物料使用要求，选择生物冻干机的CIP在线清洗系统或SIP在线灭菌系统，确保生产安全要求。
