随着研究的深入，复杂生理性状的分子剖析及与农艺性状的遗传关系研究日臻重要。高等植物叶片所含的叶绿素a和b是叶绿体中主要的光合色素，对光能的吸收和利用起着重要的作用，进而影响光合作用的效率。研究表明，叶绿素是作物生长的重要农学参数，在不同养分胁迫水平下，叶绿素含量表征了作物的生产能力，不同叶位叶绿素含量的叶色值与叶片含氮量、水稻产量形成密切相关。
在高光强下，叶绿素含量与光合作用速率有着密切的相关关系，水稻剑叶总叶绿素含量、叶绿素 a 含量与净光合速率显著正相关，叶绿素b 含量与净光合速率的正相关关系接近显著水平，较高的叶绿素含量和较长的叶绿素含量相对稳定期为具有超高产潜力的水稻品种叶片吸收更多光能提供了良好的生理基础。而且，叶绿素含量的下降可作为叶片衰老开始的标志和逆境条件下生理反应的重要参数。因此，在稻作研究和生产实践中，常利用叶片叶绿素的含量来判断稻株的营养水平、光合生产能力、逆境胁迫程度等。
位于第 6染色体的RM197-RZ516 区间的QTL对叶绿素含量和产量性状的效应方向正好相反，密阳46 的等位基因增加剑叶和倒二叶的叶绿素含量，但降低每穗总粒数、千粒重和单株产量；在第8 染色体的 RG978-RM210B区间，倒三叶叶绿素含量 QTL 和每穗实粒数 QTL 的增效等位基因均来自珍汕 97B。控制剑叶和倒二叶叶绿素 a 含量的 2 对上位性QTL 的贡献率zui大，且比较相近；而检测到的控制剑叶、倒二叶、倒三叶叶绿素 b 含量的 6 对上位性 QTL的贡献率变幅在 3.52%～8.64%之间。在这 8 对上位性作用中，有 6 对上位性 QTL 重组型组合起增效效应，只有控制倒二叶、倒三叶叶绿素 b 含量的 2 对上位性QTL 是亲本型起增效效应。
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