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二次审议稿围绕长江流域协调机制、生态环境保护和修复目标责任制等内容进行了完善，其中健全长江流域规划体系，科学统筹长江流域上下游、左右岸、干支流生态环境保护和绿色发展，增加了“保障生态安全”、“实现人与自然和谐共生”的内容。
完善了哪些内容？
国家对长江干流和重要支流源头实行严格保护，设立国家公园等自然保护地，保护国家生态安全屏障；发展相适应的水库、堤防、蓄滞洪区、河道整治等防洪减灾工程和非工程体系；加强长江流域综合立体交通体系的建设，提升长江黄金水道功能。
国家建立长江流域生态保护补偿制度，加大财政转移支付力度，对长江干流及重要支流源头和上游的水源涵养地等生态功能重要区域予以补偿，并鼓励社会资本建立市场化运作的长江流域生态保护补偿基金。
规定国务院和长江流域县级以上地方人民政府应当加大长江流域生态环境保护和修复的财政投入。
实行长江流域生态环境保护责任制和考核评价制度。
对违反岸线管理、生态环境准入、总磷污染控制、危化品运输等管理规定的行为，有针对性地增加处罚方式，并加大处罚力度。
增加了哪些规定？
增加规定违法国家规定造成长江流域生态环境损害的，国家规定的机关和法律规定的组织有权请求侵权人依法赔偿损失和费用。
将建立以发展规划为统领，空间规划为基础，专项规划、区域规划为支撑的长江流域规划体系。
将推进长江流域水资源规划、生态环境保护规划等依照有关法律、行政法规的规定编制。
长江流域拥有约占35%的水资源总量，是我国重要的生态安全屏障。业内专家指出，长江大保护的关键在于“大”，要从整个流域、整个区域，整个大环境上，从更大的空间尺度和时间尺度来考量。
这一思路的指导下，《长江保护法》以坚持系统保护、加强统筹协调、坚持全流域合作，协同保护等为起草原则，将通过统一规划、统一标准、统一监测和统一信息发布的方式，对全流域内资源调查、环境监测、生态环境风险预警、环境应急体系和监测信息等进行管理。
“十四五”规划在即，据了解，2020年8月27日，生态环境部组织开展重点流域水生态环境保护“十四五”规划编制工作视频调度会商，其中指出，各流域海域局和各省级生态环境部门已牵头成立了32个流域规划工作组，负责对地市规划编制工作进行督促指导。
另一个值得注意的是，《长江保护法》制定即将进入收尾阶段，《黄河保护法》立法思路等已经形成，通过立法来进行规范和约束已经成了我国流域治理的一条主线，未来或将应用于淮河、海河、珠江等更多流域。
