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相比固体医疗废物，医疗废水的流向和处置过程更为隐蔽。《水污染防治法》第三十六条规定，含病原体的污水应当经过消毒处理；符合国家有关标准后，方可排放。《医疗机构水污染物排放标准》也对医院产生的污水、废气和污泥进行了全面控制，在强调对含病原体污水的消毒效果的同时，兼顾生态环境安全。并在城市污水处理厂根据不同标准以及不同类型消毒设施处理下，直到符合国家排放标准才能进行排放。
另据生态环境部2月初发布的《关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水监管工作的通知》中明确“严禁未经消毒处理或处理未达标的医疗废水排放”，要求地方采取投加消毒剂或臭氧、紫外线消毒等措施并对相应的医疗废水进行消毒处理。同时对采用化学药剂进行消毒处理、采用专用设备进行消毒处理、污泥处理处置等方面提出了具体技术要求。
“目前，我国已经形成了从医院病房防疫到医院污水处理再到接收定点医院污水的城市污水处理厂的三级防护体系。”医疗污水处理主要包括污水的预处理、物化或生化处理和消毒三部分，一般分为一级处理+消毒、二级处理+消毒，医院废水排放必须消毒处理后再纳入市政管网排放及排河。其中直接排放的医疗污水或是传染病医院排放的污水都必须经过更加严格的二级处理过程。
医疗污水处理二级防护主要包括医疗污水的预处理、物化或生化处理和消毒等部分。在处理过程中，常用的污水消毒工艺主要有氯化、臭氧和紫外线消毒。目前医院更多采用的是化学方法，物理方法主要是针对医院废水进行沉淀、分离、冷热处理等操作。但业界专家也建议尽可能采用如膜处理、氯化物和臭氧多级消毒等，污泥和医疗废弃物尽可能采用小型焚烧炉处理。
而政策层面的持续落地也将加速污水处理行业提质增效，各地也将进一步加大在污水处理行业的投入。随着污水处理规模需求快速增加及系统化、一体化污水处理要求日渐提升，污水处理发展重点已由“增量”转向“提质”。同时对环境卫生体系建设的重视程度将进一步加强，特别是高标准、智能化的设备需求将增加。
从处理、收集、运输设备，到消毒药剂、防护物资的保障，从达标排放、检测监测到有效监管，防控链条上的多个环节均面临严峻挑战。事实上，已经将城市污水处理厂由后一道防线变为第一道防线。在此背景下，医院污水处理设施也面临升级改造。目前国内并没有明确的单位进行收集后处理，一般都是在污水站经过投药消毒处理后按普通固废来处理。因而，医院污水应急处理方式和设施建设成为污水处理行业构建公共卫生应急管理体系的当务之急。
叠加2020年作为“水十条”和“十三五”规划的终考年，医疗废水处理行业有望迎来新的发展机遇。国内券商预测，2019年医疗污水处理市场规模达到35.9亿元，较2018年增加0.2亿元。随着技术的成熟与产品的迭代，以及产业政策及作业场景需求的不断释放，医疗污水处理市场化服务需求将逐步呈现资源整合与跨区域发展趋势，并在规模效应推动下呈现愈发明显的市场集中度。此外，下水道和水质净化等行业细分领域也得到相应发展。
