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原位杂交结合免疫组织化学技术可以分别在相邻的连续切片上进行。只要在相邻切片上能得到同一细胞的连续切面。对照观察相邻切片上同一细胞切面原位杂交和免疫组织化学结果，就可以判断在同一细胞内是否存在特定的靶核酸DNA或RNA和由该基因或另一种基因编码的蛋白质或多肽。
原位杂交结合免疫组织化学技术更多的是在同一细胞标本或组织切片上进行，这样可避免因相邻切片法观察时不易找到同一细胞的切面而产生的空间误差和样本误差。但采用同一切片的双标记技术时。*次标记染色过程总要或多或少地影响第二次标记染色的结果，使第二次染色结果不很理想。
细胞和切片标本先用特异性抗体经免疫组织化学检测其中的相应抗原成分．接着用核酸探针做原位杂交，显示同一细胞或标本内的DNA或mRNA。免疫组织化学技术多用ABC法，显色剂可用DAB、PPD(Para-phenylenediamine)或AEC(3―amino-9―ethyl-carbazole)。当与放射性核素的原位杂交结合时，DAB或PPD显色所呈的棕褐色或棕黑色阳性产物在随后的原位杂交的操作过程中比较稳定，不会褪色。如果用AEC作显色剂，阳性产物呈红色，它与原位杂交放射自显影的阳性信号黑色银粒对比更加鲜明，易于在同一细胞内分辨出来。但由于AEC的阳性产物能溶于乙醇等有机溶剂，因此在随后的原位杂交操作过程中不能用乙醇脱水，可代之以空气干燥。
免疫组织化学若与*等非放射性标记探针的原位杂交相结合。在选择检测系统时应考虑到两个系统之间是否存在相互干扰。再者，在选用显色剂时，免疫组织化学和原位杂交zui终的两种成色阳性产物应易于分辨。
*行免疫组织化学反应。后进行原位杂交。通常抗原能较好地显示，但靶核酸有可能在进行免疫组织化学的过程中易于遭到破坏。当靶核酸是mRNA时，则要求整个免疫组织化学染色过程必须在无RNA酶的条件下进行。
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