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恶臭物质根据其组成的不同一般分为含硫化合物（如硫化氢）、含氮化合物（如氨）、含氧有机物（如醇、醛、酮、酚以及有机酸）。由于这些物质都带有活性基团，容易发生化学反应，特别是被氧化。当活性基团被氧化后，气味就消失，除臭工艺就是基于这一原理。
生物处理臭气其基本原理是利用微生物把溶解于水中的恶臭物质吸收于微生物自身体内，通过微生物的代谢活动使恶臭物质降解的一种过程，从根本上降解分解时产生恶臭气体的物质。
生物除臭基本上可以分为三个过程：（1）恶臭气体的溶解，这是将臭气由气相转变为液相的传质过程；（2）水溶液中恶臭成分被微生物吸附、吸收，溶于水中的臭气通过微生物的细胞壁和细胞膜被微生物吸收，不溶于水的臭气先附着在微生物体外，由微生物分泌的细胞外酶分解为可溶性物质，再渗入细胞；（3）进入微生物细胞的恶臭成分作为营养物质为微生物所分解利用，使臭气得以去除。
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