真菌毒素储存过程
储存于通风干燥处：
粮食在收获后并未死亡，为获得维持生命活动的能量，需要分解粮食中储存的大分子如蛋白质、脂肪、糖类，同时产生二氧化碳、水和热量，为尽快带走粮食中的水分和热能，保持低温、干燥状态，应储藏在通风干燥处。应避免粮食堆码过高、过大。
离地存放：
粮食中的纤维、蛋白质、淀粉等都可以吸潮，为防止粮食发生返潮现象，应离地存放。
加工过程
脱水处理：
由于霉菌的生长需要一定的水分，因此粮食收获后应及时晾干，以脱出水分，抑制霉菌的生长繁殖。
分类、清理处理：
分类和清理可以降低毒素含量。真菌的菌丝可以把毒素局限在发霉的粮粒上，真菌毒素通过分类、清理，可以除去内部发霉的颗粒和坏掉的颗粒，有助于减少毒素的浓度。只是此法仅适合粮粒较大的食品如花生、玉米。
水洗、挤压处理：
真菌的菌丝可以在外界压力下被压散，从而可以通过碾压、手搓将菌丝、毒素与粮粒分开，在根据菌丝、毒素不溶于水且比水的比重小的特点，通过水洗除去菌丝和毒素。可通过机械碾压，再水洗、烘干而去除原粮中的部分真菌毒素。
加热、压力处理：
可通过蒸煮、油炸、烘烤、烧烤和罐装和压力去除部分真菌毒素。有数据显示，在用黄曲霉毒素污染玉米粉做成的玉米饼的研究中，发现黄曲霉毒素B1降低了13%±4%。在煮污染了黄曲霉毒素B1的米时，发现一般毒素都会平均减少34%；加压煮米时毒素会降低得更多(78%~88%)。玉米粉在蒸煮和油炸过程中黄曲霉毒素分别降低28%，34%~53%。
碱处理：
部分真菌毒素可在碱性环境下可以加热破坏的性质，现代油脂工业，可以通过碱炼这一工艺步骤去除部分真菌毒素。
