厌氧氨氧化工艺是一种脱氮工艺，其zui大氮负荷可达9.5 kg · m-3 · d-1，且处理污水成本只需0.75C =· kg-1，因此厌氧氨氧化是一种前景的生物处理工艺.但由于厌氧氨氧化至今未能获得纯培养，为了得到高纯度的AAOB，目前只能用密度梯度离心的方法获得纯度为99.8%的AAOB，因此对AAOB的研究仍受到很大的阻碍，这意味着对厌氧氨氧化工艺的应用及推广也会带来诸多难题.然而“在单个细胞水平上对基因组进行测序”的单细胞测序技术能够解决上述难题.因此对AAOB的进一步了解有赖于单细胞测序技术的成熟应用.

　　3 AAOB与其他微生物之间的关系

　　在自然生态系统和人工生态系统中，AAOB不仅与环境有着密切的关系，而且与其他微生物也有着密切的关系.微生物之间的关系有种内和种间关系.其中AAOB的种内关系主要体现在群体感应系统，而AAOB的种间关系主要是与氨氧化菌、亚硝酸盐氧化菌、反硝化菌、厌氧甲烷氧化菌的合作与竞争关系.

　　3.1 AAOB的种内关系(群体感应系统)

　　群体感应作为一种通讯机制在微生物细胞之间普遍存在，它能够根据菌群密度和周围环境的变化来调节基因表达，从而控制菌群行为.由于AAOB 至今未能得到纯培物，所以对AAOB 群体感应的深入研究无从下手. 但根据目前对AAOB的研究来看，Ding等(Ding et al.，2013)认为有3个现象可以推测厌氧氨氧化菌之间存在群体感应系统.

　　(1)厌氧氨氧化活性存在密度依赖性.根据Strous等的研究发现，只有当AAOB细胞浓度大于1010～1011 cell · mL-1时，AAOB才具有厌氧氨氧化活性.

　　(2)目前认为AAOB属于革兰氏阴性细菌，而对于革兰氏阴性细菌的群体感应系统而言其自诱导物为N-乙酰化高*内酯(N-acyl-homoserine lactones，AHLs)类化合物，主要用作种内“语言”，且对于革兰氏阴性菌中AHLs的合成来说，S-腺苷*(S- adenosyl methionine，SAM)和乙酰化载体蛋白(acyl-acyl carrier protein，acyl-ACP)是必要的生物分子.Strous等利用宏基因组学技术对C and idatus Kuenenia stuttgartiensis 的脂肪酸代谢基因组学信息进行了研究，发现其具有编码SAM和acyl-ACP的合成酶的相关基因，证明其具有自诱导物合成潜力.

　　(3)De Clippeleir 等在研究长链高*内酯对OLAND生物膜中厌氧氨氧化速率的影响时发现，在OLAND生物膜系统 中，添加N-十二酰基高*内酯(N-dodecanoyl homoserine lactone，C12-HSL)可以增强AAOB活性，而对AOB没有影响.C12-HSL属于AHLs中碳链较长的一种，其对革兰氏阴性细菌的自诱导起到关键的作用.

　　3.2 AAOB的种间关系 3.2.1 AAOB的种间竞争关系

　　目前已发现的AAOB有5属17种，根据目前对AAOB的研究来说，除了用AAOB处理垃圾渗滤液的研究中发现C and idatus Scalindua brodae和C and idatus Scalindua wagneri有等量共存的现象，绝大多数情况下很少能发现两种AAOB在相同单一生境中等量共存的现象，这意味着AAOB的确存在种间的竞争关系.不论在自然生态系统还是人工生态系统C and idatus Brocadia和C and idatus Kuenenia都zui为常见，现以该两种菌属为例讨论AAOB的种间竞争关系.