1. 先分离膜，然后提取 如选用冷热交替法、反复冻融法、超声破碎法、玻璃匀浆法、自溶法和酶处理法使得细胞破碎，然后通过剃度离心得到含有膜蛋白的粗组分。（例如：michael11 液氮研磨组织→加入匀浆缓冲液及蛋白酶抑制剂→差速离心→蔗糖密度梯度离心→收集 37% 与 41% 间的成分，即为质膜部分→裂解即可收集膜蛋白）。

2. 用特殊的去污剂选择性的分离 采用去垢剂将疏水蛋白从其膜结构中溶解下来，然后将蛋白质稳定。去垢剂的选择通常是依据他对所需要蛋白质的提取效率来确定，但在某些情况下，还要考虑到以后的纯化步骤。虽然许多膜蛋白必须在去垢剂存在的情况下进行纯化，但最终仍可能需要除去去垢剂。在设计膜蛋白溶解方案时，必须考虑某一去垢剂的特殊性质。如 tritonX-100 在 280 nm 处有吸收，如果某蛋白质的测试与 280 nm 处的吸收有关，就应避免使用这类去垢剂。将膜制剂与胞质蛋白及细胞核分离后，再进一步从细胞膜制剂中将所需的膜蛋白增溶下来。这种做法的好处是可以用强烈的去垢剂提取细胞骨架的相关蛋白，而无需考虑胞质蛋白、细胞核成分或染色质成分的混入。使用这种方法所获得的膜蛋白，无论在种类上还是数量上，都比酸溶解法所得到的蛋白（＜ 5000 Da）要多。一般提取的膜蛋白量往往只占膜蛋白总量的不足 0.1%，所以充分的膜蛋白的提取，无疑对于研究膜蛋白的结构和功能都是非常重要的。第二种方法简单，可靠，但有时含有其他蛋白。一般的都是利用 4 度时所有的蛋白质原则上都溶于 TritonX-114 水溶液，在温度超过 20 度时，此溶液分为水相和去污相；此时亲水性蛋白溶于水相，疏水的膜蛋白溶于去污剂相中。利用此性质可提取膜蛋白。

3. 膜蛋白色谱 （CMP） CMP+ 分离强疏水性蛋白、多肽混合物的层析系统，一般有去垢剂（如 SDS）溶解膜蛋白后形成 SDS-融膜蛋白，并由羟基磷灰石为固定相的柱子分离纯化。羟基磷灰石柱具有阴离子磷酸基团（P-端），又具有阳离子钙（C-端），与固定相结合主要决定于膜蛋白的大小、SDS 结合量有关。利用原子散射法研究 cAMP 的分离机制发现，样品与 SDS 结合后在离子交换柱上存在 SDS 分子、带电荷氨基酸与固定相中带电离子间的交换，从而达到分级分离的目的。

4. 顺序抽提法 根据细胞蛋白溶解性的差异，用具有不同溶解能力的蛋白溶解液进行抽提的方法。用 Tris 碱溶液裂解细胞提取高溶解性蛋白；把未溶解的 pellet 用标准液溶解提取高疏水性蛋白；最后用含复合表面活性剂的蛋白溶解液，最后可以再次抽提前两次抽提后不能溶解的膜蛋白。5. 离心柱法提取膜蛋白 高渗的蛋白裂解液让细胞溶涨破裂后，超高速离心。