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分子识别的另一重要决定因素是预组织原则。它主要决定识别过程中的键能力。预组织是指受体与底物分子在识别之前将受体中容纳底物的环境组织得愈好，其溶剂化能力愈低，则它们的识别效果愈佳，形成的络合物愈稳定。下图中，化合物5是经过预组织的受体，O原子形成八面体型的疏水空腔，能和偶氮染料形成络合物。如下图所示，当偶氮化合物上的取代基不同时，它们的反应平衡常数差别并不大，但反应速率却相差三个数量