净化组合式空调器通常由如下段位组成：新回风混合段、粗效过滤段、加热段、表面冷却段、加湿段、风机段、灭菌段、二次回风段、中间段、中效过滤段、出风段、消声段。通常在新风和回风的入口处设有手动调节阀，如净化空调系统设有自动控制装置时，在新风入口和回风入口处均装设电动调节阀，在过渡季节可增大新风量有利于节能。粗效过滤段，内装板式或袋式粗效过滤器，板式粗效过滤器占用的空气比袋式粗效过滤器的小，可使机组长度缩短，节约机房面积。
对于生物洁净室要选用干饱和蒸汽加湿器，不会污染空气且加湿量容易控制，若采用水喷雾加湿器，不管是离心还是超声波式，由于水槽容易滋生细菌，所以在生物洁净室工程中尽量不选用该类加湿段。在满足系统要求的前提下，尽量选用低转速的风机，这样可减小噪声，与一般空调相比，其风量越大，风压高，选用弹簧式减振器效果较好。
灭菌段内装臭氧发生器或紫外线灭菌灯，臭氧灭菌属环保型灭菌，灭菌效果好，可把机组内、管道系统内及洁净室内的细菌杀灭；紫外线灭菌只对机组内表面有灭菌效果，对流动的空气几乎没有什么灭菌效果，臭氧灭菌应在洁净室内无人状态下进行，否则对人体呼吸系统及黏膜有损坏作用。组合式净化空调机组各段位排列顺序不同，有些段之间必须设中间段以供日后检修使用，所以中间段内不装什么设备，只设置检修门。
出风段，其上留有出风口及调节阀，出风口可设在顶部，也可设在侧部，视具体情况而定，如医院洁净手术部，在其顶部均设置技术夹层，这时可选用侧面开口的出风段，以减少弯头，简化系统。
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