硅酸根分析仪目前普遍采用钼蓝法测量水中微量硅的含量。其工作原理如下：
 

　　在酸性溶液中，水样中的硅会与显色剂钼酸盐发生显色反应，生成硅钼黄。然后加入还原剂，硅钼黄会被还原成蓝色的硅钼蓝。溶液蓝色的深浅程度与试剂水中硅的含量有关，通过光电比色或分光光度法测定吸光度，再依据朗伯-比尔定律，即可求得待测试样水中的硅含量。

　　具体分析过程一般可分为三个阶段：
 

　　显色：在加有硫酸的酸性溶液中，使水中硅转变成可溶性正硅酸盐(H₄SiO₄)，然后与钼酸盐在微酸性溶液中进行显色反应，生成黄色硅钼杂多酸，即硅钼黄，其分子式为 H₄SiMo₁₂O₄₀；
 

　　加掩蔽剂：由于水中的铁、磷等均能与钼酸盐起显色反应，生成黄色络合物，当加入还原剂时，会与硅钼黄一起被还原成钼蓝，从而干扰硅的测定。因此，在对硅钼黄进行还原之前，需先加入掩蔽剂(例如酒石酸、草酸)，使干扰离子与掩蔽剂生成无色稳定的络合物，以防止干扰分析；
 

　　还原：硅钼黄在还原剂的作用下，被还原成蓝色的硅钼杂多酸，即硅钼蓝，其分子式为。
 

　　常用的试剂中，除了H₂SO₄用于与水中的硅生成可溶性正硅酸外，作为显色剂的有钼酸铵、钼酸钠等；作为掩蔽剂的有酒石酸、草酸等；作为还原剂的有1-氨基-2-萘酚-4-磺酸，以及罗多耳、万年青糖醇等有机还原剂。