在开展研究之前，选择合适的标记物可避免浪费大量的精力，因为没有一个标记系统是无缺的。因而，应该考虑标记过程的主要目标是什么。
一、标记蛋白的细胞和亚细胞定位检测
如果标记物仅仅用于检测蛋白在细胞中的位置，那么GFP具有*的优势，因为该系统可在活细胞中适时直接观察蛋白的定位。其他的标记物均没有这一特性。因此，如果确定蛋白在细胞的定位是实验的主要目标，又有适当的荧光显微镜，那么GFP是*选择。如在实验中GFP不合适或者失败，亦可以尝试myc和HA标记物。
二、蛋白调控和相互作用的检测
如果希望通过免疫沉淀和免疫印迹技术研究蛋白和宿主细胞成分的相互作用，那么基于多肽的标记物是正确的选择。所需要的标记物应该对蛋白的稳定性和功能不产生影响，并且具有适合在同一细胞系统中使用多种不同标记蛋白的潜力。
这类标记物的主要问题是可与宿主蛋白发生交叉反应，因此应检测标记系统与将使用的实验系统中其他成分的交叉反应性。建议在特定的系统中对抗标记物抗体或者多肽标记物结合蛋白进行对照实验。商品化试剂快速方便，但费用较高。
另外一个重要的步骤是核对抗标记物检测系统在研究标记蛋白的试验系统中的本底信号。zui近，已经有直接标记的针对FLAG、myc、HA和VSV-G表位的抗体。这些试剂有助于降低本底，特别适用于经免疫沉淀后进行免疫印迹分析。用于检测S多肽标记或链霉亲和素标记蛋白的直接标记试剂也有供应。
开展工作的合理方法是对3种zui常用的表位标记物进行尝试，即对商品化的抗FLAG抗体MI和M2、抗HA抗体12CA5以及抗myc抗体9E10的特性进行试验。避免使用那些在检测系统中产生高本底的标记物，选择那些本底信号低或没有本底信号的标记物。控制检测试剂以及一抗本身（第三章）的交叉反应具有重要的意义。由于所有这些抗体都是鼠源性单克隆抗体，可以通过在这些试验程序中使用相同的检测试剂进行比较。一个基本的步骤是对所有4种抗体的反应进行比较，在选定的系统中包含一个对照，该对照仅含检测试剂而无一抗。
