因为免疫沉淀的蛋白质是在相对温和的情况下制备的，所以zui终的蛋白质复合物常保留有生物特征。例如，免疫沉淀的激酶还有识别并催化天然底物磷酸化的能力。这就使得一系列免疫沉淀方法不仅能检测任何抗原的内在酶活性，而且能检测与抗原相关的任何蛋白质的活性。
研究酶活性的技术路线
免疫沉淀的蛋白或蛋白复合物常保持有酶活性，在第三次洗涤之后，与微球结合的免疫复合物在反应缓冲液中进一步洗涤，zui后一次洗涤液正常情况下不含有底物，也可忽略ATP或其他能量来源。也会除去大部分的去污剂，如EDTA等可能封闭或减慢酶活性的物质，免疫复合物和微球可再悬浮在反应缓冲液中。
在设计实验时要考虑以下几点。*，要记住在这些处理过程中酶动力学会有很大改变，酶仍然与微球结合，所以它们不能通过溶液扩散，因此反应会遵循基本的原理。第二，微球密度大会很快沉到管底，这就意味着要在反应过程中摇动相邻的管子，更容易的是，可以在反应过程中吹打管底，再悬浮微球。
有些方法可用来终止反应。应根据相邻的步骤进行正确的选择，如果检测放射活性物质转移到蛋白质底物的情况，如在蛋白激酶反应中，ATP的[32p]丁磷酸转移到蛋白质分子中，可通过加入样本缓冲液终止反应。此外，加热反应可阻止酶活性。其他一些方法包括将EDTA加入到双价离子中（EDTA．Ca2+）或冷冻样本。
将酶和微球结合可应用于小量免疫亲和纯化，离心去除上清后即可使酶与底物分离。
