免疫亲和纯化技术常用于从多克隆抗体样本中纯化抗原特异性抗体。在这个过程中，纯抗原共价结合于固相支持物上，多克隆混合抗体中的那些对该抗原特异的抗体能和它结合。经过冲洗，将未结合的抗体除去，然后再将特异性抗体洗脱。这种方法不适用于单抗，因为它们与抗原结合的活性相同。
免疫亲和纯化技术常用于下面两种情况。*种情况是抗肽抗体的制备。在制备抗肽抗体的过程中，要将抗肽抗体所针对的合成肽结合到载体蛋白上，以产生有效的免疫原性。针对肽—载体复合物的多克隆抗体产生后，通常并不能直接使用，而要从血清的大量混合抗体中分离出特异识别该肽段的抗体。免疫亲和纯化技术能达到两个目的，一是将所需的抗体从针对载体蛋白的抗体中分离出来；二是浓缩特异性的抗肽抗体，提高其相对浓度。
免疫亲和纯化抗体技术应用的第二种情况是用于多克隆抗体制备， 目的是去除不需要的抗体。特异及非特异的背景问题通常在用多抗时更为严重。去除非特异抗体的方法之一是用抗原柱纯化所需抗体。这一方法能大大减少干扰免疫化学检测结果的非特异性抗体。虽然有点麻烦，但能将低劣的抗血清变为有价值的试剂。
这一方法的主要优势是能将特异性抗体从多种抗体的混合样本中分离出来。它的zui大的缺点是需要大量的抗原，而且特异性抗体所需的洗脱条件可能导致抗体活性的部分丧失。
如果可用的抗原量很少，用免疫亲和纯化技术纯化所需抗体就不合适。这种情况可以考虑用免疫印迹转移到硝化纤维膜上的抗原来纯化抗体，虽然这一方法纯化的抗体量有限，但作为分析研究用已足够。
如果抗体不能稳定地从柱上洗脱，或洗脱下来的抗体不再结合抗原，应试用其他的洗脱条件。第九章详细讨论了免疫亲和纯化技术，这种方法可用于分离抗原。这两种亲和纯化技术的原理是一样的，第九章介绍的洗脱条件在这里也可以试用。
有时少量的抗原能从抗原柱上洗脱。如果在某些检测中，那些用亲和纯化获取的抗体对抗原的污染敏感（如涉及酶活性的检测），就必须检测每一份抗体洗脱液中是否有抗原存在。
