在目前通常所用的免疫测定试剂盒中所用的抗原一般有三大类，即纯化抗原、合成抗原和基因工程抗原。
纯化抗原系指从人体液、组织或病原体培养物中采用物理化学方法如超速离心、过滤层析、电泳分离等所分离得到的目的抗原，如从HBsAg高滴度携带者外周血中分离纯化的HBsAg，从胎盘血中分离纯化的甲胎蛋白（a-fetoprotein），从HIV培养液中裂解纯化的HIV抗原等。纯化抗原的共同特点是，其*保留了天然抗原所具备的抗体结合特性，所有的决定簇包括立体构型决定簇都不会受到破坏。但纯化抗原的纯度对相应的免疫测定方法的特异性有较大影响。
合成抗原一般均是多肽抗原，如HCV和HIV结构和非结构区的合成多肽抗原，这类抗原因其为多肽片段，缺乏完整抗原所具有的立体构型决定簇，用于相应的抗HCV和抗HIV抗体的检测有可能导致结合这种立体构型决定簇的抗体漏检。
基因重组抗原是在已知目的抗原的核苷酸序列的基础上，采用基因工程技术得到的表达抗原，如乙型肝炎核心抗原（HBcAg）、乙型肝炎e抗原（HBeAg）、梅毒螺旋体、弓形体、巨细胞病毒（CMV）、HCV和HIV的基因重组抗原等。
在目前的商品ELISA试剂盒中基本上都已使用这些重组抗原。由于基因重组抗原通常为病原体的部分抗原，如梅毒螺旋体的TpNl5，TpNl7和TpN47，HCV的核心区及NS3，NS4和NS5，HIV的gp41和gpl20等，因此，用此类重组抗原建立免疫方法来测定相应抗体，难免在测定相应病原体感染的敏感性上有缺陷。
zui近，美国Chiron公司为改善抗HCV测定的敏感性，将组成HCV的7个功能区即核心及E1，E2／NSl，NS2，NS3，NS4和NS5区中的除NS2以外的6个表达成一个融合蛋白“MEFA-6”，以这种融合蛋白建立的免疫测定方法的测定敏感性较使用NS3—NS4—核心（C25）区融合蛋白的免疫测定方法高2～4倍。
基因重组抗原不但对原抗原的生物学和免疫学特性能zui大程度地保留，而且可工业化大量生产，同时没有从生物体液中提纯抗原所存在的传染危险性。
