在基于结合动力学，也被称为解离速率（κoff）]的选择中，在将远远过量的非标记抗原加入到混合液中并维持一段特定时间之前，将首先选用饱和量的标记抗原使其与噬菌体群结果。通过确定与末标记抗原竞争的持续的时间，将允许大多数结合的野生型抗体解离，而优化的突变体却仍然结合着，这个方法对于具有较慢解离速率的突变体的选择是很有效的。因为V基因无论在体内或体外发生突变时，κoff下降都是一个产生高亲和力的主要动力学机制。一般而言，此法可以选择到（Kd）更佳的scFv。

我们通常倾向于平衡选择法。在这个方法中，噬菌体与浓度低于平衡结合常数的抗原一同被孵育。它可以有效地选择到改善平衡常数的抗体。抗原浓度下降也有助于确保选择到高亲和力scFv，而不是那些在噬菌体中表达较佳或对大肠杆菌毒性较低的抗体。使用可溶性抗原就能设置超过平衡选择方法所需抗原浓度的对照。噬菌体可以先结合*化抗原，而后用链霉亲和素化磁珠进行回收。可以预先估计选择所用的适宜抗原浓度，但我们倾向于在*轮中采用几个不同的抗原浓度。后续几轮选择的抗原浓度可以根据测定结合性噬菌体在产出的多克隆噬菌体中结合性噬菌体的比例来决定。用Biacore进行表面等离子共振技术（SPR）测定是zui为准确的。结合浓度测定是在物质运输受限条件下进行的。另外．也可用酶联免疫吸附试验（ELISA）测定结合性克隆的比例。分析这些数据就可以在下一轮选择前确定出*抗原浓度。我们在每一轮选择后，一般会把抗原浓度降低10～100倍。在3～5轮选择后，就可以筛选亲和力得到优化的克隆了。