天然V区可以被看作是在经历过或未经历过抗原刺激的淋巴细胞中所发现的结构。结果，有些扩增的V基因将会是重排的肝系基因，而另外的则含有B细胞与抗原相遇所诱导产生的突变体。这些基因扩增所用引物可以识别V基因的5’端scFv单链抗体和J基因的3’端或者是CI。或CHl结构域的5’端。总体上，大多数天然来源的扩增V区基因是功能性的，其中不包含终止密码子或者框移。这是因为B细胞中非功能性V区转录会受到抑制。应当注意的是，杂交瘤细胞中的情况并非如此，瘤细胞中经常会有非功能性V区出现。

合成性V区通常是用PCR构建的。这涉及用长核苷酸引物将随机的CDR3和框架区4添加到所克隆的免疫球蛋白基因3’端。CDR3是通过扩增引物中NNS构建而成的。这个设计可以产生编码所有氨基酸的密码子，同时也能使终止密码子出现的数目zui小。这样的合成性V基因是以天然V基因为基础的，但在其CDR区却含有合成性元件。所构建的CDR3可长可短，变化很大，这取决于扩增所用寡核苷酸的大小。

扩增和克隆天然V基因。

现在已发表了多套各自不同的引物，分别用来扩增来自人类和小鼠的全长天然V基因。总体上，引物套型的建立倾向于使之尽可能识别更多的不同V基因。然而，这也许并非上策，因为已发现在随机挑出的克隆V基因与选择的抗体V基因家族之间，存在差异。这也许是因为各种不同V基因家族，在噬菌体展示水平或其对大肠杆菌毒性大小方面有所不同。使用对选择克隆中的V基因家族和成员有偏好的引物，也许是有利的。抗体文库中V基因对小部分在细菌中表达良好克隆的这种限制性，看来并不会影响选择能力。