Bal31核酸酶是由海生菌(Alteromonas espeliana)提取的。该酶具有高度特异的单链脱氧核糖核酸内切酶活性，也可在缺口或超螺旋卷曲瞬间出现的单链区域降解双链环状DNA或在3′或5′端，渐进地降解双链线性DNA。Bal 31核酸酶具有核糖核酸酶活性，能降解rRNA和tRNA。该酶反应需要Ca2+和Mg2+为辅助因子。Ca2+的特异螯合剂EDTA可终止该酶的水解反应。Bal 31核酸酶主要用途：①用于不同长度的删除突变克隆实验及基因结构、机能分析，②绘制DNA限性内切图谱，③研究超螺旋DNA的二级结构和致畸剂引起的双链DNA螺旋结构变化。
s1核酸酶降解单链DNA或RNA(Vogt et al.1973)，产生带5"磷酸的单链核苷酸或寡核苷酸。双链DNA、双链RNA及DNA-RNA杂交体对此酶相对不敏感。然而如果所用S1核酸酶的酶量非常大，则双链核酸可被*消化。中等量的S1核酸酶可在切口或小缺口处切割双链核酸(Kroeker and Kowalski 1978)。
用途
(1)分析DNA-RNA杂交体的结构(Berk and Sharp 1977，Favaloro et al.1980)。
(2)去除dna片段中突出的单链尾以产生平端。
(3)打开双链cDNA合成中产生的发夹环。
