当重要的培养细胞污染时，研究者可能试图消除或控制污染。

首先，确定污染物是细菌、真菌、支原体或酵母，把污染细胞与其它细胞系隔离开，用实验室消毒剂消毒培养器皿和超净台，检查 HEPA过滤器。高浓度的抗生素和抗霉菌素可能对一些细胞系有毒性，因而，做剂量反应实验确定抗生素和抗霉菌素产生毒性的剂量水平。这点在使用抗生素如两性霉素 B 和抗霉菌素如泰乐菌素时尤其重要。

下面是推荐的确定毒性水平和消除培养污染的实验步骤。
（1）在无抗生素的培养基中消化、计数和稀释细胞，稀释到常规细胞传代的浓度。
（2）分散细胞悬液到多孔培养板中，或几个小培养瓶中。在一个浓度梯度范围内，把选择抗生素
加入到每一个孔中。例如，两性霉素 B 推荐下列浓度，0.25，0.50，1.0，2.0，4.0，8.0mg/ml。
（3）每天观测细胞毒性指标，如脱落，出现空泡，汇合度下降和变圆。
（4）确定抗生素毒性水平后，使用低于毒性浓度 2－3 倍浓度的抗生素的培养液培养细胞 2－3 代。
（5）在无抗生素的培养基中培养细胞一代。
（6）重复步骤 4。
（7）在无抗生素的培养基中培养 4－6 代，确定污染是否以已被消除。