根据《保健食品注册与备案管理办法》，保健食品进行注册是需要提交安全性和保健功能评价材料，包括目录外原料及产品的安全性、保健功能试验评价材料，人群食用评价材料；功效成分或者标志性成分、卫生学、稳定性、菌种鉴定、菌种毒力等试验报告，以及涉及、违禁药物成分等检测报告。
根据我国现行的《食品安全法》第三十八条明确规定，“生产经营的食品中不得添加药品，但是可以添加按照传统既是食品又是中药材的物质”。任何不属于既是食品又是中药材的物质，禁止在食品（含保健食品）中添加使用，比如各种药物。
因此保健食品检测主要是功能试验，毒理试验，功效成分含量检测，以及其他如食品污染物检测，微生物检测，致病菌检测，真菌毒素检测。考虑到不少不法商家企业为了牟利，非法添加药物、化学物质提高产品功效，因此保健食品的检测还有一个重要领域是违禁药物的检测。
保健食品检测推荐项目
类别 | 检测项目 |
重金属检测 | 铅、砷、汞、镉、铜等。 |
有机农药残留 | 有机氯、有机磷、拟除虫菊酯、氨基甲酸脂、除草剂、杀菌剂等500多种农药残留检测，及GC-MS和LC-MS-MS农残扫描等 |
添加剂检测 | 防腐剂、人工色素、抗氧化剂、甜味剂、维生素类、有机酸、等近60种食品添加剂等 |
有毒有害物质检测 | （M1、B1、B2、G1、G2）、展、游离棉酚、多氯联苯、亚硝酸盐、硝酸盐、亚硫酸盐、N-亚硝胺类、苯并(a)芘、，、丙烯酰胺、反式脂肪酸、无机砷、甲基汞、溴酸盐、甲醛、乙醛、丙二醛、乙二醛、、二氧化硫、吊白块、、喹乙醇、组胺、石油烃、三甲胺氮、、苏丹橙、三聚氰胺及三聚氰酸、邻苯二甲酸脂等。 |
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