真菌毒素是一种由微生物分类上属于真菌的微生物产生的有毒物质，是真菌在食品或饲料里生长所产生的代谢产物，对人类和动物都有害。 真菌毒素的繁殖及毒素的产生主要依赖环境如温度、湿度、氧气、水分以及pH控制等，针对储藏及加工过程，其防治方法主要有以下几种：
1、控制环境温度
真菌适宜生长温度为24～32℃，饲料及原料储藏保持低温状态，加工后饲料*行冷却处理后再包装及储藏。
2、调节pH环境
霉菌适宜偏酸性环境，因此饲料加工中采取添加弱碱性成份，采用二氧化碳及氮气进行饲料保存，以及添加防霉剂。
3、控制含水率及相对湿度
霉菌相对适宜湿度80%～90%，含水率为17%～18%，故湿度标准控制在低于80%，一般要求玉米、高粱、稻谷含水量≤14%，大豆、饼粕、麦类及副产品含水量≤13%。
4、减少污染源
对储存仓库及加工设备进行清洁清扫杀菌等处理，减少真菌对饲料的污染。
5、储存环境设置
分区、垫高，以保证阴凉、通风、干燥，并防止虫鼠害污染。
6、脱毒处理
1)物理脱毒
剔除法，就是利用人工、机械、电子设备将霉变原料籽粒筛选剔除，此法有效简单 , 但效率较低；暴晒法，利用阳光降低水分，杀菌，减少霉菌及毒素的破坏作用，有效且成本低；水洗法，利用2%石灰水反复冲洗，并可除去霉变颗粒，较为有效；紫外辐射法，利用紫外线照射，简单有效，去毒率达97%～99%。以上几种方法较为常用。
2)化学脱毒法
有氨碱处理、浸提法、蒸煮法、氧化法、吸附法等；氧化法较为常见，主要是利用过氧化氢，能破坏所有的黄曲霉毒素；吸附法虽然能起作用，吸附毒素，但吸附剂仍然存在于饲料之中，不是理想的去毒方法；营养脱毒法，在饲料中添加抗氧化剂，也只能缓解毒素对细胞的毒性作用。
